ده سال است که جهان توسط دانشمند دیوانه دکتر هال و امپراتوری زیرزمینی اش در آستانه نابودی قرار گرفته است. کوجی کاباتو، ربات غول پیکر مازینگر Z و متحدانش در آزمایشگاه برق فوتون سعی در پایان دادن به جاه طلبی های دکتر هال و بازگرداندن صلح و آرامش به جهان را دارند. کوجی به پیروی از پدر و پدر بزرگش سال هاست دانش آموز آزمایشگاه فوتون است. پروفسور سایاکا یومی که بعد از نخست وزیر شدن پدر کوجی به عنوان جانشین او در آزمایشگاه فوتون در آمده است. برادر کوچکتر کوجی به نام شیرو به عنوان یکی از بهترین و با هوش ترین ربات گردانان آزمایشگاه فوتون می باشد. کوجی با جون هونو ازدواج کرده و او باردار است. کوجی در تحقیقات خود در می یابد که در اعماق خلیج فوجی شکل جدید زندگی از موجودات به لیسا به وجود آمده است که ساختاری بی نهایت دارد و این یک تهدید و یک چالش جدید برای بشیریت است که ممکن است پایان دوران زندگی انسان بر روی زمین شود. دکتر هیل سازنده ربات مازینگر در گذشته با کوجی در مورد یک سلاح بسیار ویژه به نام گِرگان صحبت کرده است و کوجی سعی در تکمیل آن سلاح دارد که دارای قدرتی بسیار خارق العاده است تا بتواند از آن برای استفاده در ربات مازینگر برای نابودی لیسا استفاده کند. پس تلاش های کوجی در آزمایشگاه فوتون آنها ربات خود را ارتقا می دهند آن را مازینگر Z می نامند. و هم اکنون دنیا برای رهایی از نابودی مجددا نیاز به کمک ربات محبوب خود مازینگر Z دارد …