داستان برمیگرده به آینده جایی تو سال های 2028 تو یه شب زمستونی نشانه هایی از بازسازی پس از جنگ به چشم میخورد. از طرفی تنش تو New Port City بالاگرفته و مردم به خاطر سود کارتل های خارجی دست به تظاهرات زدند.کار به شلیک گلوله توسط پلیس ضد شورش رسید و همه ی اینها زیر سر یه cyberbrain تروریست به اسم “Fire Starter” بود. حالا واحد تهاجمی مستقل به رهبری Makoto Kusanagi وارد عمل میشه تا با سرکوب ghosts و aims عدالت را به شیوه ی خودش اجرا کنه اما زیر این همه ماجرا “tin girl” امما و “scarecrow man” بوریندا جونیور حضور داشتند.در حال حاضر رهبر واحد تهاجمی به عنوان یه Kusanagi به این حوادث میپردازه تا پی به دلیل نزدیکی اون دو ghosts برسه.