داستان اين فيلم درباره «هيپاتيا» (ريچل وايس) بانوي ستارهشناس و فيلسوف در اسکندريه در دوران حکومت روم بر اين سرزمين در قرن چهارم ميلادي و رابطه او با دو رقيب عشقي، يکي بردهاش «داووس» (مکس مينگلا) و ديگري اشرافزادهاي بهنام «اريستس» (اسکار آيزاک) است. داووس از سويي عاشق بانوي خود شده و از سويي ديگر ميتواند با پيوستن به طغيان مسيحيان به آزادي برسد. در کنار داستان رمانتيک فيلم، داستان تاريخي نيز روايت ميشود.